Rolul principal al secției este de a asigura gestiunea eficientă și transparentă a resurselor financiare ale CAPCS, prin:
elaborarea și executarea bugetului instituției;
evidența contabilă conform normelor legale în vigoare;
întocmirea rapoartelor financiare și bugetare;
monitorizarea cheltuielilor și încadrarea acestora în limitele aprobate;
colaborarea cu instituții de control și audit pentru asigurarea legalității și corectitudinii operațiunilor financiare.
Activitatea secției contribuie la buna funcționare a mecanismelor de achiziții centralizate în domeniul sănătății, sprijinind transparența și eficiența utilizării fondurilor publice.